Pedagogická komisia je poradným orgánom dekana v otázkach štúdia na fakulte. Vyjadruje sa najmä k študijným programom, študijnému poriadku, kreditovému systému hodnotenia, hodnoteniu vzdelávacieho procesu, harmonogramu akademického roka, k štruktúre a organizácii pedagogickej praxe, informačným materiálom o štúdiu, k tvorbe nových študijných odborov a koncepcií, k vytváraniu podmienok pre štúdium študentov so špecifickými potrebami, prijíma podnety a participuje pri riešení pedagogických problémov.